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考虑、设计治疗设备的安放如何更好更完美、内部布局和装潢如何更高雅更舒适的同时，千万不能忽略了口腔诊所污水处理的设计。污水处理是否达标将关系到诊所能否开办。由于口腔诊所污水中含有大量的病原微生物和有毒物质，所以国家制定了GB18466-2005《医疗机构水污染物排放标准》，要求诊所和医院的污水必须经臭氧发生器消毒处理后才能排至市政管网。污水的消毒处理一般可分为消毒前的预处理和污水的消毒，口腔诊所的污水消毒处理中的预处理和消毒往往同时进行。
一.口腔诊所污水排放的标准

2005年7月27日我国国家环境保护总局和国家质量监督检验检疫总局发布的医疗机构污染物排放标准要求，自本标准自实施之日2006年1月1日起，代替GB8978-1996《污水综合排放标准》中有关医疗机构水污染物排放标准部分，并取代 GB18466-2001《医疗机构污水排放要求》。依据GB18466-2005医疗机构水污染物排放标准口腔诊所的污水经处理和消毒后应达到下列标准:
综合医疗机构和其他医疗机构水污染物排放限值（日均值）
1、粪大肠菌群数不得大于500MPN/L。
2、肠道致病菌不得检出
3、肠道病毒不得检出
4、pH值保持在6--9之间
5、化学需氧量（COD）的浓度不得超过60mg/L，最高允许排放负荷60g/床位。
6、生化需氧量（BOD）的浓度不得超过20mg/L，最高允许排放负荷20g/床位。
7、悬浮物（SS）的浓度不得超过20mg/L，最高允许排放负荷20g/床位。

二诊所污水的消毒处理方法
   标准要求规定消毒剂通常使用的有：二氧化氯、次氯酸钠、液氯、紫外线和臭氧等。
   臭氧比次氯酸钠、氯、二氧化氯、紫外线等具有更强的氧化能力，可以比氯快600-3000倍的速度杀死包括氯不能彻底杀死的所有细菌、病毒等；可将某些重金属离子Pb、Hg等氧化沉淀达到分离的目的；另外臭氧还可降低生化耗氧量（BOD）和化学耗氧量（COD）、去除亚硝酸盐和脱色、除臭等。经此处理的医院污水，可大大提高排放标准，甚至可返回作为非饮用水再利用。
医院污水用臭氧消毒与其它方式消毒的比较：
   臭氧消毒现制现用，克服了其它方式在运输、储存和处理过程中的危险。
臭氧消毒接触时间短，能改善水质，是一种优良的消毒剂。
臭氧能杀灭其它方式如氯等不能杀灭的病毒、芽孢等。
臭氧消毒作用不受废水中氨氢含量及PH值的影响。
臭氧是氧的同素异形体，臭氧在室温下杀菌消毒结束后自然衰变为氧气，没有任何二次污染，而氯不能还原，其投加量多了会超标，其投加量少了又起不来应有的杀菌作用，作为非技术人员很难控制。GB18466-2005《医疗机构水污染物排放标准》中第4.1.6条明确规定采用含氯消毒剂进行消毒的医疗机构污水，若直接排入地表水体和海域，应进行脱氯处理，使总余氯小于 0.5mg/L。同时氯也是污染物，会造成环境的二次污染，二氧化氯发生器以氯酸钠和盐酸（31%）为原料，运行成本高。
三.污水处理和消毒设计
   污水处理和消毒设计要求口腔诊所的规模往往都不是很大，污水量也有限，传统的医疗污水处理的设计时都需要建立一个污水处理池，不但破坏小诊所不大空间的美观，而且形成不必要的成本浪费，有的甚至找不到这个一个隐蔽安全的地方，长期存水也会发出难闻的味道。