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医院污水处理后排放去向分为排入自然水体和通过市政下水道排入城市污水处理厂两类。医院污水处理所用工艺必须确保处理出水达标，主要采用的三种工艺有：加强处理效果的一级处理、二级处理和简易生化处理。
工艺选择原则为：传染病医院必须采用二级处理，并需进行预消毒处理。处理出水排入自然水体的县及县以上医院必须采用二级处理。
处理出水排入城市下水道(下游设有二级污水处理厂)的综合医院推荐采用二级处理，对采用一级处理工艺的必须加强处理效果。
对于经济不发达地区的小型综合医院，条件不具备时可采用简易生化处理作为过渡处理措施，之后逐步实现二级处理或加强处理效果的一级处理。
对于处理出水终进入二级处理城市污水处理厂的综合医院，应加强其处理效果，提高SS的去除率，减少消毒剂用量。
疾控中心污水处理设备（技术说明）加强一级处理效果宜通过两种途径实现：对现有一级处理工艺进行改造以加强去除效果和采用一级强化处理技术。
医院污水处理的目的是通过采用二氧化氯发生器现场制备二氧化氯溶液去除水中物理的、化学的和生物学的各种水污染物，使水质得到净化，达到国家或地方水污染物质排放标准，保护水资源和人体健康。

医院排放污水的主要部门和设施有：诊疗室、化验室、病房、洗衣房、X光照像洗印、动物房、同位素治疗诊断、手术室等排水；医院行政管理和医务人员排放的生活污水等。
病原性微生物及控制指标：粪大肠菌群数和大肠菌群数；传染性细菌和病毒。有毒、有害物质：pH值；SS；COD和BOD。放射性同位素。医院污水排放量不大，属小型污水处理。
常用的处理方法按其作用原理可分为物理法、化学法和生物法。按处理程度可分为一级处理、二级处理和三级处理等。
医院污水处理所用工艺必须确保处理出水达标，特别是SARS病人污染过的污水达到国家规定的标准排放。
主要采用三种工艺：一级处理、加强处理效果的一级处理和二级处理。对含病原体污水大部分医院采用的是一级处理和氯化消毒技术，少数医院采用二级处理和氯化消毒技术。
污水处理厂原本就是控制和消除水污染物排放到外环境中造成环境污染的后一道关口，但江苏邳州市一污水处理企业的员工曹某，非但没有做好管控污水的本职工作，还私自篡改污水处理企业的氨氮在线监测数据，致使含污染物的超标污水直接排放并造成环境污染，该员工因犯污染环境罪，日前被徐州中级人民终审被判处有期徒刑。
设备特点：
1、占地面积小、安装方便
2，自动运行、操作简单、整个系统无需专人管理
3、系统处理效果稳定可靠
4、无需投加药剂，节省后续运行成本
5、外表美观、结构紧凑、便于移动
6、设备可采用臭氧消毒方式、也可采用氯片或二氧化氯消毒剂方式